در بعضی از کشورها، ثبت شرکت تعاونی نیازمند دریافت مجوزهای خاص است. بهتر است قبل از شروع فرایند ثبت، با مقامات محلی یا دفاتر مربوطه مشورت کنید. باید اطمینان حاصل کنید که همه مراحل ثبت به درستی انجام می ‌شود. برای ثبت شرکت تعاونی، ممکن است نیاز به دریافت مجوزهای مختلف از مراجع مختلف باشد. به ویژه بسته به نوع فعالیت و محدودیت‌ های مربوط به آن، این مجوزها تعیین می شوند.
دقت داشته باشید که شرکت تعاونی تنها در یک زمینه می تواند فعالیت داشته باشد. این یعنی شرکت ثبت شده تنها باید به یک سازمان خاص برای کسب مجوزها مراجعه نماید. یکی از مهم ترین مراجع لازم برای کسب مجوز، وزارت تعاون است. یعنی هر تغییری که قرار است در این شرکت انجام شود، باید حتما با مجوز وزارت تعاون انجام شود. در ادامه، به برخی از مراجعی که ممکن است برای ثبت شرکت تعاونی نیاز به مجوز داشته باشید اشاره شده است:

وزارت کشاورزی
ممکن است شرکت تعاونی شما مرتبط با بخش کشاورزی، مثلاً تولید محصولات کشاورزی یا دامپروری باشد. ثبت شرکت تعاونی در این زمینه نیاز به دریافت مجوز از وزارت کشاورزی دارد.

وزارت صنعت، معدن و تجارت
برخی از شرکت ‌های تعاونی در بخش ‌های صنعتی و تولیدی نیاز به مجوز از وزارت صنعت، معدن و تجارت دارند.

وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی
اگر فعالیت شرکت تعاونی شما در حوزه بهداشت و درمان باشد، نیاز به مجوز از وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی خواهید داشت. مانند تشکیل داروخانه تعاونی.